染色質(zhì)免疫共沉淀技術(shù)的原理是在活細(xì)胞狀態(tài)下固定蛋白質(zhì)-DNA復(fù)合物，并將其隨機(jī)切斷為一定長(zhǎng)度范圍內(nèi)的染色質(zhì)小片段，然后通過(guò)免疫學(xué)方法沉淀此復(fù)合體，特異性地富集目的蛋白結(jié)合的DNA片段，通過(guò)對(duì)目的片斷的純化與檢測(cè)，從而獲得蛋白質(zhì)與DNA相互作用的信息。

這項(xiàng)技術(shù)通過(guò)蛋白質(zhì)與DNA互作來(lái)分析目標(biāo)基因活性以及已知蛋白質(zhì)的靶基因，被廣泛應(yīng)用于體內(nèi)轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子與靶基因啟動(dòng)子上特異核苷酸序列結(jié)合方面的研究。該技術(shù)常與DNA芯片和分子克隆技術(shù)相結(jié)合。